Após o polêmico Brasileirão de 1987, o Náutico foi um dos oito clubes que sobraram na transição de 32 times para 24 na Primeirona de 1988. Seria a estreia do acesso e descenso. Jogando a Série B (chamada na época de Divisão Especial), o Alvirrubro fez uma excelente campanha, garantindo o acesso ao lado da Inter de Limeira.
No quadrangular de 1988, confusão. A fase decisiva também contou com Ponte Preta e Americano/RJ. Na foto acima (arquivo do Diario), a vitória timbu sobre o time do Rio no Arruda, por 2 x 1. Augusto e Júnior Guimarães marcaram os gols do Alvirrubo.
No fim, Inter em 1º com 12 pontos e Náutico e Ponte com 11… O time de Campinas havia vencido 3 jogos, contra 2 do Timbu. A Ponte entrou na Justiça, mas a CBF definiu como critério o número de vitórias em toda a competição. Náutico 15 x 12 Ponte.
Depois, o time pernambucno disputou o título com a Internacional em apenas uma partida, realizada no interior paulista. Diante de 12.325 torcedores, o Alvirrubo, que tinha como destaque o meia Nivaldo, foi derrotado por 2 x 1. Ficou com o vice.
Náutico: 29 jogos, 15 vitórias, 8 empates e 6 derrotas; 39 GP e 27 GC.